中心实行主任负责制，现任主任为蒋殿春教授。
历任中心主任：李秀芳教授（2007-2012）、张伯伟教授（2012-2016）、殿春教授（2016年--）
实验教学指导委员会
主任：孙 凤 教授 清华大学
委员：盛 斌 教授 南开大学
张伯伟 教授 南开大学
李 强 教授 北京大学
马亚明 教授 天津财经大学
李诚邦 渤海银行
中心根据经济学科建设与人才培养特点，从功能的角度，划分了9个实验室、3个中心。
1. 行为博弈分析实验室
行为博弈分析实验室侧重于运用博弈与行为分析方法，在可控的实验环境下，针对新时代中国特色社会主义的重大社会问题和经济现象，通过控制某些条件(假设)来改变实验的环境或规则，并观察实验对象的行为，分析实验的结果，以检验、比较和完善社会科学理论并提供政策决策的依据。在个人决策行为研究，博弈论研究和市场机制研究等方向取得重要基础理论和政策应用突破，并在管理学，计量与统计，社会学与法学等学科间探讨跨学科研究的切入点，取得一系列具有重大社会影响的科研成果，成为国内引领型的行为分析实验室。
外方主任：Markus Taube 德国杜伊斯堡-埃森大学东亚研究中心教授
中方主任：秦海英副教授
2. 政府财税仿真实验室
政府财税仿真实验室以财政学、公共管理为基础，紧密结合政府政务及税务管理实务，设计实务模拟性实验，侧重培养学生宏观经济管理知识和微观财务管理技能。同时设计综合性实验以培养学生的创新能力和创新意识。实验项目涉及财政、税收、公共管理等专业知识的综合应用。
主任：郭玲副教授
3. 国际经济与贸易实验室
国际经济与贸易实验室侧重于国际经济领域的大数据挖掘、大数据分析及其实际应用，从量化的角度研究国际经济、国际贸易政策、汇率政策、区域和国家间政策外溢以及微观经济和宏观经济政策与协调等问题。同时，实验室重视国际商务模拟实训平台建设，通过实景模拟、案例分析、商务谈判演练以及B2B跨境电子商务的实际应用，提高学生的国际商务业务和实战水平，增强国际市场的应变能力。
主任：谢娟娟教授
4. 国际商务实验室
国际商务实验室立足于国际商务基础理论和实践，旨在通过一系列的实验课程设计让学生们掌握国际商务和企业经营活动的基本规律和知识，其主要功能和内容包括：（1）与WindAswath Damodaran全球上市公司数据等专业数据库合作，培养学生们使用数据库的基本能力；（2）讲授SPSS、SAS、Eviews等基础统计分析软件，让学生们学会使用软件进行市场分析、风险管理，进行商务科学决策；（3）利用沙盘推演、情境模拟等特色手段，让学生模拟企业经营实践，了解企业商务活动的基本过程和规律。目前，该实验室现有师资12人，主任为张峰教授。该实验室目前设置的主要课程有国际商务前沿、公司理财、沙盘模拟、市场调研与分析、管理学、计量经济学等。
实验室主任：张峰 教授
5.区域经济仿真实验室
区域经济仿真实验室侧重于运用地理信息系统（GIS）、空间计量经济（Spatial Econometric）等分析方法，借助中国城市与区域空间发展数据库平台，对各种区域经济现象进行仿真模拟研究，追踪和推演经济快速增长过程中的地区差距、城市化等变化趋势，为制订区域经济政策提供决策依据。目前实验室开设《空间计量与空间统计》、《ArcGIS在经济研究中的运用》、《空间大数据与空间分析前沿》等课程，传授空间计量经济模型的拓展估计方法，培养学生预测经济要素的空间分布趋势和解决现实问题的能力。
主任：张志强助理研究员
6. 数量经济分析实验室
数量经济学实验室为教师和学生进行数量经济学方面课程的教学和研究提供实验平台。目前开设《计量经济学》、《统计学》等多个实验项目，为师生的上机实验、课题研究、论文撰写、毕业设计、学生的科研自主创新提供了硬件和软件服务。同时，承担Stata、EViews、SPSS、R、Matlab、Pythn等各类统计和计量软件的各层次操作培训、应用培训、市场研究培训、数据挖掘等技能和职业培训。
主任：王群勇教授
7. 物流规划与仿真实验室
物流规划与仿真实验室为本科及硕士生提供仿真环境和规划平台，增强学生对规划和仿真的理解，提高学生的仿真和规划软件的操作、应用、分析等能力。同时，也为高年级博士生和教师提供仿真与规划的研究环境。实验室配备有 MapInfo软件及常用GIS数据、TransCAD交通规划软件、物流规划沙盘、Arena、AIS、Flexsim等仿真软件以及计算机、服务器、绘图仪、沙盘、货架、条码、RFID等硬件设备、Linux、Oracle等软件和数据库开发环境。
主任：刘秉镰教授
8．南开史密斯实验室
南开史密斯实验室由南开大学与阿拉斯加大学合作成立，聘请诺贝尔经济学奖获得者弗农·史密斯为名誉主任，美国阿拉斯加大学安克雷奇分校经济学教授吉姆·莫菲为主任，南开大学国家经济战略研究院副院长、教授戴金平为执行主任。该实验室致力于运用前沿的实验经济学研究方法，对宏观经济政策及金融改革进行事前、事中和事后的评估分析，为经济政策决策提供理论和实践依据。
外方主任：James J Murphy 美国阿拉斯加大学安克雷奇分校经济学教授
中方主任：戴金平教授
9. CESS（中国）实验室
CESS China实验室成立于2017，是牛津大学纳菲德学院社会科学实验中心（CESS）与南开大学国家经济战略研究院合作实验室。该实验室主旨是帮助研究人员设计和实现符合最高科学标准的实验，促进并支持实验方法在社会科学研究中的应用。实验方式有实验室实验、野外实验、在线实验或现场实验等。自CESS成立以来，在CESS中心协助下，已有多个实验成果发表在美国经济学评论、美国政治学评论、政治经济学杂志等领先的科学期刊上。
外方主任：Raymond Duch牛津大学纳菲尔德学院的官方研究员
中方主任：戴金平教授
10. 经济社会调查中心
中心践行“知中国，服务中国”的南开传统，发扬经济学院注重实地调查的优良传统，聚焦国家经济发展中的热点、焦点、难点及前瞻性问题，每年假期组织师生以小组的形式进行实地的经济社会调查。调查对象涵盖城乡工业、农业经济状况、地方财政状况、地方行政与社会问题，通过实际走访，获得一手数据，并撰写调查报告。通过实地调查，拓展学生视野，推动第一课堂与第二课堂的深度融合，实现让“经济学来源于实践，应用于实践”的目标。进而通过向实践地及有关部门提供政策建议，发挥智库作用。
中心主任：姚万军
11. 高性能计算中心
高性能计算中心旨在解决师生科研创新活动中的硬件工具不足和数据资源匮乏问题，通过信息化管理，为师生提供了高性能、先进的计算机实验环境和丰富的数据资源。中心可用资源包括四部分：以虚拟化技术为依托的的线上实验环境-社会经济数量分析与研究云平台；配置有高性能工作站的线下工作站实验室；逐步汇聚的丰富的数据资源以及中心信息化管理网站。几年来，高性能中心成为学院师生进行科学项目研究、论文写作和创新活动的不可或缺的重要技术支撑平台。
主任：涂宇清 高级工程师
12. 实验室技术管理中心
实验室技术管理中心是为实验教学、科研提供全面技术支持和管理服务的部门。中心负责为各实验室硬件、软件、数据库及网络有效运行提供技术支持，保障教学计划内实验课程的正常教学。中心随时接受学生预约，开放各实验室及教学科研资源，支持学生的课外实验、自主实验、“百项工程”、“国家创新性实验计划”项目、各种学科竞赛、毕业论文设计等教学科研活动。
主任：华钧 高级实验师
