为了加强实验教学管理，南开大学出台了一系列规章制度，分别从岗位聘任、教学规范、教材建设、档案管理、学生创新科研等各方面规范、管理实验教学。

中心从建立之初就极其重视规范化的管理制度建设，在执行学校实验室诸项规章制度的基础上，中心结合经济实验教学的特点，以人为本，先后出台了一系列切实可行的规章制度和管理办法，内容涉及实验人员岗位聘任及考核、实验室工作规程、实验室管理、实验教学和仪器设备管理等各环节。管理制度的建设使得中心各方面工作有章可循，有条不紊。管理制度分为学校、学院等上级单位的管理制度和中心制订的规章制度两部分。